1.雙雜交探針：就是在兩條寡核苷酸雜交探針上分別標(biāo)記熒光供體基團(tuán)和熒光受體基團(tuán)，兩基團(tuán)的激發(fā)光光譜有一定程度的重疊。對兩條探針的要求是，其與靶核酸的雜交位置應(yīng)相互鄰近。當(dāng)兩條探針與靶基因同時(shí)雜交時(shí)，兩個(gè)熒光基團(tuán)靠得很近，其間的距離在1~10 nm(通常為1~5個(gè)堿基)，依據(jù)FRET原理，在供體基團(tuán)一定波長的激發(fā)光作用下，發(fā)生能量傳遞，從而激發(fā)受體基團(tuán)發(fā)射另一種熒光，熒光強(qiáng)度和PCR反應(yīng)中DNA合成量成正比。

2.染料法：SYBR Green I是一種比較常見的熒光染料，可以非特異的結(jié)合雙鏈DNA小溝，它可以嵌合進(jìn)DNA雙鏈，但不結(jié)合單鏈。當(dāng)SYBR Green I在溶液面未結(jié)合雙鏈DNA時(shí)，僅產(chǎn)生很少的熒光，當(dāng)它結(jié)合雙鏈DNA時(shí)，就發(fā)射出很強(qiáng)的熒光信號。

3.TaqMan探針：TaqMan探針是一個(gè)與模板特異性結(jié)合的熒光探針，它的 5'端標(biāo)記有熒光報(bào)告基團(tuán)(Reporter, R)，3'端標(biāo)記有熒光淬滅基團(tuán)(Quencher, Q)。當(dāng)探針完整的時(shí)候，熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)距離很近，使得熒光基團(tuán)發(fā)射的熒光被淬滅。