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文獻案例 PCR技術(shù)醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域應(yīng)用分享

更新時間:2022-05-24      點擊次數(shù):701

 

 PCR(polymerase chain reaction,PCR)聚合酶鏈反應(yīng),是利用一段DNA為模板,在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下,將該段DNA擴增至足夠數(shù)量,以便進行結(jié)構(gòu)和功能分析。PCR應(yīng)用場景廣泛,不僅在基礎(chǔ)研究方面,還包括醫(yī)學(xué)診斷、法醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)科學(xué)等各大領(lǐng)域。

近期多篇醫(yī)學(xué)研究多篇文獻中均應(yīng)用到PCR技術(shù)及PCR儀產(chǎn)品,小編為大家做一下簡要分享。

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近期南方醫(yī)科大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)博士生導(dǎo)師、主任醫(yī)師王雅棣課題組在醫(yī)學(xué)期刊《Oncology Research and Treatment》上發(fā)表題為Preliminary Clinical Validation of a Filtration-Based CTC Assay for Tumor Burden and HER2 Status Monitoring in Metastatic Breast Cancer的文章,探索研究基于過濾的CTC測定轉(zhuǎn)移性乳腺癌腫瘤負荷和HER2狀態(tài)監(jiān)測的初步臨床驗證情況。

 

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背景介紹

 

循環(huán)腫瘤細胞(CTC,CirculatingTumorCell)是存在于外周血中的各類腫瘤細胞的統(tǒng)稱,因自發(fā)或診療操作從實體腫瘤病灶(原發(fā)灶、轉(zhuǎn)移灶)脫落,大部分CTC在進入外周血后發(fā)生凋亡或被吞噬,少數(shù)能夠逃逸并錨著發(fā)展成為轉(zhuǎn)移灶,增加惡性腫瘤患者死亡風險。CTC檢測通過捕捉檢測外周血中痕量存在的CTC,監(jiān)測CTC類型和數(shù)量變化的趨勢,以便實時監(jiān)測腫瘤動態(tài)、評估治療效果,實現(xiàn)實時個體治療。循環(huán)腫瘤細胞 (CTC) 承載著從基因組改變到蛋白質(zhì)組構(gòu)成的多維腫瘤相關(guān)信息,是一種很有前途的液體活檢材料。 CTC 的臨床有效性在轉(zhuǎn)移性乳腺癌 (MBC) 中得到了廣泛的研究。  CELLSEARCH®檢測是目前使用廣泛的方法,研究者們同時也在尋求替代策略。一種基于過濾的微流體裝置已被用于富集 CTC,但其臨床相關(guān)性仍然未知。

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方法:在這項初步研究中,作者研究團隊招募了 47 名 MBC 患者,并評估了上述 CTC 檢測在腫瘤負荷監(jiān)測和人表皮生長因子受體 2 (HER2) 狀態(tài)測定方面的性能。結(jié)果:在基線時,51.1% 的患者 (24/47) 為 CTC 陽性。在伴隨著較差的放射學(xué)反應(yīng)評估的樣本中,CTC 計數(shù)和陽性率也顯升高。連續(xù)抽血表明,與血清標志物癌胚抗原和癌抗原 15-3 相比,CTC 計數(shù)能夠更準確地監(jiān)測腫瘤負荷。此外,與之前的報告相比,CTC-HER2 狀態(tài)與腫瘤-HER2 狀態(tài)中度一致。選定樣本中的 HER2 拷貝數(shù)測量進一步支持了 CTC-HER2 狀態(tài)評估。

結(jié)論:這項研究的初步結(jié)果表明,CDC 檢測在幾個方面都有希望,包括敏感的 CTC 檢測、準確的疾病狀態(tài)反映和 HER2 狀態(tài)確定。目前需要更多的研究來驗證這些發(fā)現(xiàn),并進一步表征CTC測定的價值。

在實驗驗證中,柏恒科技RePure-A 梯度PCR儀發(fā)揮了一定作用,助力作者實驗研究進行。

 

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而在另一篇發(fā)表在《Frontiers in Molecular Biosciences》期刊上的論文,柏恒科技PCR儀也發(fā)揮了不小作用。哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬二院腎內(nèi)科主任醫(yī)師、博士生及碩士生導(dǎo)師李冰課題組發(fā)表的題為Bioinformatic Analysis Combined With Experimental Validation Reveals Novel Hub Genes and Pathways Associated With Focal Segmental Glomerulosclerosis的文章,作者研究團隊利用生物信息學(xué)分析與實驗驗證相結(jié)合,揭示了與局灶性節(jié)段性腎小球硬化相關(guān)的新型Hub基因和通路。

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背景介紹:局灶節(jié)段性腎小球硬化癥 (focal segmental glomerulosclerosis, FSGS)是一種臨床病理綜合征,臨床表現(xiàn)為大量蛋白尿或腎病綜合征,病理以局灶節(jié)段分布的腎小球硬化病變及足細胞變性所致足突融合或消失為特征,多數(shù)表現(xiàn)為激素治療抵抗,并進行性發(fā)展至終末期腎病 (ESRD)。本研究旨在探索與FSGS相關(guān)的樞紐基因和通路,以確定潛在的診斷和治療靶點

方法:作者團隊從 Gene Expression Omnibus (GEO) 數(shù)據(jù)庫下載了微陣列數(shù)據(jù)集 GSE121233 和 GSE129973。數(shù)據(jù)集包括 25 個 FSGS 樣本和 25 個正常樣本。使用R包“limma”識別差異表達基因(DEG)。Gene Ontology (GO)功能和(KEGG)通路富集分析使用數(shù)據(jù)庫進行注釋,可視化和集成發(fā)現(xiàn) (DAVID),用于識別 DEG 的通路和功能注釋。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)是基于檢索相互作用基因(STRING)數(shù)據(jù)庫的搜索工具構(gòu)建的,并使用 Cytoscape 軟件進行可視化。然后使用 Cytoscape 的 cytoHubba 插件評估 DEG 的中心基因。使用 FSGS 大鼠模型通過定量實時聚合酶鏈反應(yīng) (qRT-PCR) 驗證中樞基因的表達,并進行接受者操作特征 (ROC) 曲線分析以驗證這些中樞基因的準確性。

結(jié)果:在兩個 GSE 數(shù)據(jù)集(GSE121233 和 GSE129973)中共識別出 45 個 DEG,包括 18 個上調(diào)和 27 個下調(diào)的 DEG。其中,選擇了5個具有高度連通性的樞紐基因。在 PPI 網(wǎng)絡(luò)中,前 5 個中樞基因中,F(xiàn)N1 上調(diào),而 ALB、EGF、TTR 和 KNG1 下調(diào)。 FSGS大鼠的qRT-PCR分析證實FN1的表達上調(diào),EGF和TTR的表達下調(diào)。 ROC 分析表明 FN1、EGF 和 TTR 對 FSGS 顯示出相當大的診斷效率。

結(jié)論:通過生物信息學(xué)分析結(jié)合實驗驗證,鑒定出三個新的 FSGS 特異性基因,這可能會促進對 FSGS 的分子基礎(chǔ)的理解,并為臨床管理提供潛在的治療靶點。

實驗驗證中,實驗團隊應(yīng)用了柏恒科技熒光定量PCR儀進行樣品測定并分析。

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除了以上列出的幾篇文獻,柏恒科技PCR儀在生物科研、動物疫病等方面均有廣泛應(yīng)用,下期我們再繼續(xù)分享。

 

文獻中PCR儀產(chǎn)品簡介

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RePure系列智能二維梯度PCR儀

本系列PCR儀具有二維梯度摸索功能,多種梯度摸索模式;

自適應(yīng)壓桿式熱蓋,合蓋緊蓋一步到位;

前進后出式風道,機器可并排放置,節(jié)約實驗空間;

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Q3200系列熒光定量PCR儀

本系列熒光PCR儀采用四通道雙16孔模塊設(shè)計,可實現(xiàn)一機多用;

最大升降溫速率8℃/s,大大節(jié)約實驗時間;

體積小,重量輕,方便攜帶;

 

更多PCR儀技術(shù)應(yīng)用,歡迎關(guān)注柏恒科技,我們提供各類梯度PCR儀、熒光PCR儀等,并為客戶提供生物學(xué)相關(guān)檢測解決方案。

 

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